Subkomandanten Marcos, som egentlig heter Sebastian Guillèn, har blitt pekt ut av media som den intellektuelle lederen til zapatistbevegelsen. Det er mange som mener at det er han som styrer hele krigen. Marcos er leder for militæret, EZLN, men er underordnet de 23 kommandantene, som igjen er underordnet de sivile støttegruppene som utgjør det sivile samfunnet. Alle landsbyene som er organisert under zapatismens ideologi har en stemme og er med på å bestemme stegene til bevegelsen.
Den 6 mars i Tepoztlan, Morelia, forklarte "Subben" til folkemassen: "Marcos (som på spansk betyr rammer) eksisterer ikke, han er ikke, han er en skygge, han er rammen rundt et vindu. Hvis dere ser at bak meg står mine compañeros kommandanter, sjefene mine, da må dere stille dere på den andre siden, der alle samfunnene står og legge godt merke til at når vi ser dem blir bildet presentert bak-frem, de står foran oss".
"Rammen til et vindu kan også forvandles til et speil. Jeg er sikker på at hvis dere kikker litt nøye, vil dere klare å se dere selv . Vi er dere. Jeg er deg. Det er dette vi vil at dere skal forstå".
(Subcommandante Marcos)